대상 확인
이 글의 독자는 2026년 초 회사 연말정산으로 2025년 귀속 근로소득 정산을 마친 근로자입니다. 근로소득 외에 신고할 다른 소득은 없습니다. 이 근로자는 2025년 중에 개인형 퇴직연금(IRP) 계좌를 새로 열어 납입했습니다. 그런데 간소화 자료에 납입 내역이 늦게 올라왔거나 회사에 증명서를 내지 않아, 근로소득 원천징수영수증의 연금계좌 세액공제 칸이 비어 있거나 연금저축 납입분만 들어가 있습니다. 10월에 이 사실을 알게 되었고, 5월 종합소득세 신고 기간이 이미 지났다는 점도 알고 있습니다.
이 글이 다루는 질문은 하나입니다. 5월 확정신고 기간을 놓친 근로자가 경정청구서에서 연금계좌 세액공제 금액을 어떤 순서로 계산해 적는지입니다. 연말정산으로 세액이 확정된 근로자는 법정신고기한부터 5년 이내에 경정청구로 공제 누락을 바로잡을 수 있습니다. 2025년 귀속분의 법정신고기한은 2026년 5월이므로 지금도 청구할 수 있습니다. 다만 다른 소득이 있어 5월 신고 의무가 있었는데 신고하지 않은 경우에는 절차가 달라질 수 있으므로 이 글의 범위에서 제외합니다.
서식을 열기 전에 원천징수영수증의 세액공제 항목에서 연금계좌 칸에 금액이 있는지부터 확인합니다. 칸이 비어 있다면 납입액 전체가 누락된 것이고, 일부 금액만 있다면 어느 계좌가 빠졌는지 계좌별로 대조해야 합니다. 결정세액이 이미 0원이라면 공제를 더 넣어도 돌려받을 세액이 없으므로, 이 칸도 함께 확인합니다.
대조하는 방법은 간단합니다. 금융회사 증명서에 적힌 계좌별 연간 납입액을 모두 더한 금액과 원천징수영수증 연금계좌 칸의 공제 대상 금액을 나란히 놓습니다. 예를 들어 영수증에 연금저축 금액만 있고 IRP 계좌번호가 어디에도 없다면, 누락된 것은 IRP 납입분이라고 판단할 수 있습니다. 두 금액이 같다면 누락이 아니라 한도 때문에 공제되지 않은 것일 수 있으므로, 아래 공제 순서를 먼저 확인한 뒤 청구 여부를 정합니다.
기입 항목
경정청구서의 연금계좌 항목은 금융회사 명칭, 계좌번호, 계좌 구분, 해당 과세기간의 납입금액을 계좌별로 적는 구조입니다. 기준이 되는 기간은 2025년 1월 1일부터 12월 31일까지이며, 금융회사가 그 기간에 납입으로 처리한 금액만 들어갑니다. 아래 자료를 미리 준비해 두면 입력 중에 화면을 오갈 일이 줄어듭니다.
- 회사에서 받은 2025년 귀속 근로소득 원천징수영수증을 준비합니다. 총급여와 기존 결정세액을 옮겨 적을 때 사용됩니다.
- 금융회사가 발급하는 연금납입증명서나 간소화 자료를 준비합니다. 계좌번호와 연간 납입액이 함께 나와 있어야 합니다.
- 계좌마다 연금저축인지 퇴직연금(IRP 또는 DC형 근로자 추가납입)인지 구분해 둡니다. 서식에서 두 구분은 다른 줄에 기재됩니다.
- DC형 퇴직연금이 있다면 회사가 낸 부담금과 본인이 추가로 낸 금액을 나눠 둡니다. 회사 부담금은 공제 대상 납입액에 포함되지 않습니다.
- 2025년에 ISA 만기 자금을 연금계좌로 옮긴 금액이 있다면 그 금액을 따로 적어 둡니다. 이 금액은 별도 한도로 계산됩니다.
- 환급받을 본인 명의 예금 계좌번호를 준비합니다.
연말정산 때 연금저축 납입분이 이미 반영되어 있었다면, 경정청구서에는 빠진 IRP만 적는 것이 아니라 연금저축과 IRP를 모두 다시 적습니다. 경정청구는 해당 연도 세액을 처음부터 다시 계산하는 절차이므로, 기존 반영분을 빼고 적으면 공제 금액이 오히려 줄어들 수 있습니다.
계좌 구분을 잘못 적는 경우도 자주 생깁니다. IRP는 이름에 연금이 들어가 있어도 서식에서는 연금저축이 아니라 퇴직연금 줄에 적어야 합니다. IRP를 연금저축 줄에 적으면 600만원 한도가 IRP 금액에까지 적용되어 공제 대상 금액이 실제보다 작게 계산될 수 있습니다. 증명서에 표시된 상품 구분을 기준으로 줄을 고르고, 같은 계좌번호가 두 줄에 중복으로 들어가지 않았는지도 확인합니다.
공제·감면 칸
공제 대상 금액은 정해진 순서로 계산됩니다. 첫째, 연금저축 납입액은 연 600만원까지만 인정됩니다. 둘째, 그렇게 인정된 연금저축 금액에 퇴직연금 납입액을 더하고, 합계는 연 900만원까지 인정됩니다. 2023년 납입분부터는 나이와 소득에 따라 한도를 나누지 않고 이 금액이 적용됩니다. 서식에서 연금저축 줄을 먼저 채운 뒤 퇴직연금 줄을 채우는 것도 이 계산 순서를 따른 것입니다. 아래는 이 순서를 그대로 적용한 계산 예시입니다.
- 예시 1: 연금저축 0원, IRP 900만원을 납입했습니다. 연금저축 인정액 0원에 IRP 900만원을 더해 공제 대상 금액은 900만원이 됩니다.
- 예시 2: 연금저축 700만원, IRP 200만원을 납입했습니다. 연금저축은 600만원만 인정되고 IRP 200만원을 더해 공제 대상 금액은 800만원이 됩니다. 합계 납입액은 900만원이지만 100만원은 공제되지 않습니다.
- 예시 3: 연금저축 400만원, IRP 700만원을 납입했습니다. 둘을 더하면 1,100만원이지만 합계 한도가 적용되어 공제 대상 금액은 900만원이 됩니다.
공제 대상 금액에 곱하는 공제율은 총급여 5,500만원 이하(종합소득금액 4,500만원 이하)이면 15%, 이를 넘으면 12%입니다. 서식의 세액공제 칸에는 소득세분만 적고, 그 10%에 해당하는 지방소득세 감소분은 따로 계산됩니다. 예를 들어 총급여 5,000만원인 근로자가 예시 2처럼 공제 대상 금액 800만원을 인정받으면 소득세 세액공제는 120만원이고, 지방소득세는 12만원 줄어듭니다. 이 금액은 위 기준에 따른 단순 계산이며 실제 환급액은 아래의 한도 조건에 따라 달라집니다.
세액공제는 산출세액을 넘어서 돌려받을 수 없습니다. 다른 세액공제를 이미 받아 결정세액이 적게 남아 있다면, 연금계좌 공제액이 커도 실제로 줄어드는 세액은 남은 결정세액까지입니다. 이때 다 쓰지 못한 공제액은 다음 해로 넘어가지 않습니다. ISA 만기 자금을 연금계좌로 옮긴 경우에는 옮긴 금액의 10%, 최대 300만원이 별도 한도로 더해지므로 해당 줄에 따로 적습니다.
공제율 칸을 확인할 때는 총급여 기준을 원천징수영수증의 총급여 금액으로 판단합니다. 연봉 계약서상 금액이나 실수령액이 아니라 비과세 소득을 뺀 총급여가 기준이므로, 연봉이 5,500만원 근처인 근로자는 영수증 숫자를 직접 보고 적용 공제율을 정합니다.
제출 기한과 방법
근로자가 직접 청구할 때는 홈택스의 경정청구 메뉴를 이용합니다. 2025년 귀속 근로소득을 선택하면 회사가 제출한 연말정산 자료가 불러와지며, 청구 사유로 세액공제 누락을 고른 뒤 연금계좌 항목을 위 순서대로 고쳐 적습니다. 수정 후 결정세액과 기존 결정세액의 차이가 환급 청구 세액으로 표시되므로, 앞에서 손으로 계산한 금액과 비슷한지 대조합니다. 마지막으로 연금납입증명서를 첨부하고 환급 계좌를 입력해 제출합니다.
화면에 표시된 환급 청구 세액이 직접 계산한 금액보다 훨씬 크거나 작다면 제출 전에 원인을 찾아야 합니다. 대개는 기존 연금저축 반영분을 지웠거나, IRP를 연금저축 줄에 적었거나, 결정세액 한도에 걸린 경우입니다. 차이의 원인을 확인한 뒤 제출하면 보완 요청을 받을 가능성이 줄어듭니다.
국세청 안내에 따르면 경정청구 결과는 청구를 받은 날부터 2개월 이내에 통지됩니다. 서류 보완을 요청받으면 그 기간이 늘어날 수 있으므로, 처음 제출할 때 계좌번호와 납입액이 보이는 증명서를 함께 첨부하는 것이 좋습니다. 지방소득세 환급은 국세와 별도 절차로 처리될 수 있으므로, 제출을 마친 뒤 안내 화면에서 지방소득세 처리 방법을 확인합니다. 같은 일이 2026년 귀속분에서 생기면 2027년 5월 종합소득세 확정신고 기간에 신고서로 바로잡을 수도 있습니다.
작성 요령(※)
※ 납입 연도는 이체한 날이 아니라 금융회사가 납입으로 처리한 날을 기준으로 판단합니다. 12월 말에 이체했는데 처리일이 다음 해로 넘어갔다면 그 금액은 2025년 칸에 넣지 않습니다. 증명서의 연간 합계와 서식에 적은 금액이 다르면 보완 요청을 받을 수 있으므로, 증명서 숫자를 그대로 옮겨 적습니다.
※ 세액공제를 받은 납입 원금은 나중에 연금으로 받거나 해지할 때 과세 대상이 되고, 공제를 받지 않은 원금은 과세 대상에서 빠지는 것이 원칙입니다. 경정청구로 공제를 받으면 그 납입분의 과세 구분도 달라집니다. 예시 2처럼 한도를 넘어 공제받지 못한 금액이 있다면 금융회사에서 처리 방법을 확인해 두면 이후 인출이나 연금 수령 때 과세 금액을 맞게 계산할 수 있습니다.
※ 결정세액이 남아 있지 않아 경정청구를 하지 않기로 했다면, 그 해 납입분은 공제를 받지 않은 원금으로 남습니다. 이 경우에도 앞의 과세 구분 원칙이 적용되므로 청구 여부와 관계없이 증명서를 보관해 둡니다. 이 글은 신고 서식 작성 순서를 안내하는 일반 정보이며, 특정 금융상품 가입이나 납입을 권유하지 않습니다. 소득 구성이 복잡한 경우에는 개별 사정에 따라 공제 금액이 달라질 수 있습니다.